L'enfer est pavé de bonnes intentions
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Une conduite d'eau éclate au milieu de la nuit dans le cimetière ancien de l'église Sainte-Agathe, laissant le terrain du cimetière jonché de cercueils et de leurs habitants autrefois paisibles. Brennan est appelée pour identifier et aider à enterrer à nouveau les dépouilles. Le père Matt, un prêtre nouvellement installé, a informé Brennan et Zack que le dernier enterrement dans le cimetière a eu lieu il y a plus de cinquante ans, mais Brennan trouve un crâne enterré il y a moins de cinq ans, ce qui les amène à croire que le corps a été enterré pour cacher un meurtre. Après avoir rencontré une certaine opposition du père Donlan, le prêtre en chef acharné, Brennan et Zack traitent le terrain autrefois sacré comme une scène de crime. Ils ramènent les restes au Jeffersonian, où Booth est choqué par le manque de respect de Brennan envers ses croyances religieuses ou celles des autres, et les deux luttent pour trouver leur rythme, qui a été perturbé depuis le départ de Sully. Booth insiste pour que Brennan vienne avec lui voir son psychologue, le Dr Wyatt (Stephen Fry), dans l'espoir que Wyatt puisse aider leur relation et remettre les choses sur les rails entre eux. Pendant ce temps, la romance de Hodgins et Angela s’intensifie et Hodgins fait un geste audacieux pour faire avancer les choses entre eux, prenant Angela complètement au dépourvu. Lorsque Booth et Angela retournent à l'église pour distribuer des croquis de la victime du meurtre non identifiée du cimetière, un jeune paroissien identifie le croquis comme l'ancien curé de la paroisse, que le père Matt avait remplacé il y a peu. Alors que le père Matt devient mystérieusement malade et que Brennan et Booth tentent de retracer les détails de la disparition du prêtre assassiné, ils doivent déterminer qui joue à Dieu cause des morts.